Nazwisko Szałkowski jest formą odmiejscową. Jej potencjalne podstawy etymologiczne stanowią nazwy: Sałki (powiat gostyński, kozienicki, wileński), Sałkowice (powiat płoński, mławski), Szałkowo (powiat wileński), zob. K. Rymut, Nazwiska Polaków. Słownik historyczno-etymologiczny, Kraków 2001, t. II, s. 393, Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, t. X, s. 222, t. XI, s. 773-774. Jan Siwik („Encyklopedia nazwisk i przydomków szlacheckich”, Warszawa 2010, s. 691) odnotowuje szlachecką rodzinę o tym nazwisku – „Szałkowski, 1674, woj. łęczyckie”.
