Nanikowski ma kilka możliwych podstaw etymologicznych: 1. staropolskie nan ‘ojciec’, 2. staropolskie nana ‘matka’, 3. niemiecką nazwę osobową Nan, pochodzącą od gemańskich imion złożonych na Nand-, zob. K. Rymut, Nazwiska Polaków. Słownik historyczno-etymologiczny, Kraków 2001, t. II, s. 137. Por. też Nankowski (herbu Pelikan), nazwisko odnotowane w 1592 roku, zob. Jan Siwik, Encyklopedia nazwisk i przydomków szlacheckich, Warszawa 2010, s. 487.
